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體外共培養系統主要是模擬細胞在體環境下進行細胞培養，以期獲得細胞的在體狀態為目標，來實現對在體細胞的研究 。在體細胞并非獨立存在，會與周邊的細胞發生相互作用，會通過血液循環與附近的或者遠程的細胞形成相互作用；譬如內皮細胞與平滑肌細胞、內皮細胞與腫瘤細胞、內皮細胞與體細胞、內皮細胞與肝細胞、肝細胞與心肌細胞等等。

巨細胞動脈炎（GCA）是一種肉芽腫性血管炎，由血管重塑導致血管狹窄或閉塞引起。這一過程是由表型轉化觸發的，血管平滑肌細胞（VSMCs）轉化為肌成纖維細胞（MFs），肌成纖維細胞遷移到內膜，增殖并產生細胞外基質蛋白，如膠原蛋白-1、膠原蛋白-3和纖連蛋白，導致內膜增生的形成并導致血管狹窄和閉塞。VSMC和MF標志物包括收縮蛋白α-SMA、肌球蛋白重鏈-11（MYH11）和結蛋白（Desmin）。MYH11是分化VSMCs zuiju特異性標志物；結蛋白由VSMCs表達，但不由成纖維細胞表達。CD9

結直腸癌（CRC）是最常見和最致命的癌癥之一。CRC具有異質性腫瘤微環境，具有獨特的成纖維細胞群。腫瘤生長和進展的過程與腫瘤相關成纖維細胞（CAF）有關。據報道，CAF調節炎癥細胞的募集，并影響血管生成、腫瘤干性和耐藥性。因此，CAF在很大程度上促進了癌癥的進展，被認為是治療的重要靶點。盡管在胰腺導管腺癌、乳腺癌和肺癌中對CAF的表征方面取得了進展，但仍缺乏對結直腸癌CAF的quanmian分析。研究已經報道了兩種主要的CAF亞型，它們要么表達細胞外基質（ECM）分子和調節劑（稱為CAF-A），

近年來，由于化療的進步和分子靶向藥物的出現，結腸癌（CC）的治療結果有所改善。離子轉運體（Ion transporters）在細胞功能中起著至關重要的作用，近年來作為癌癥的潛在治療靶點而受到關注。闡明基因和蛋白質在癌癥微環境中的功能是引起廣泛關注的研究領域，因此，腫瘤與基質之間的關系以及腫瘤細胞與成纖維細胞之間的相互作用在癌癥調控中的重要作用值得深入探討。電壓門控鈣離子通道（Voltage-gated Calcium Channels，VGCCs）是由 4-5 個亞基組成的復合蛋白。電壓門控性鈣

從牙周膜分離的間充質基質細胞（hPDL-MSCs）具有很高的治療潛力，這可能是由于它們的免疫調節特性。兩組不同的機制主要負責這些免疫調節能力：（1）可溶性免疫介質和酶的分泌，包括 IDO-1、PGE2 和 TSG-6，它們以旁分泌方式調節免疫細胞；（2）和細胞-細胞直接接觸機制，通過表達膜結合免疫介質，包括 PD-L1 和 PD-L2。這些免疫調節機制在穩態條件下通常較低，但在炎癥環境中會通過各種促炎細胞因子，包括IL-1β 和 TNF-α 得到增強。由于免疫細胞是這些促炎細胞因子的主要來源，這

B 細胞前體急性淋巴細胞白血病（BCP-ALL）是最常見的兒童惡性腫瘤，其特征是骨髓中 B 前體細胞的惡性轉化和克隆擴增。研究表明，骨髓微環境促進白血病生成并導致細胞耐藥性。骨髓來源的間充質基質細胞（MSC）是骨髓微環境的主要組成部分。以往研究報道，當與 MSC 的相互作用被破壞時，白血病細胞在體外對化療藥物重新敏感，例如，通過干擾隧道納米管（TNTs）的形成。白血病細胞使用隧道納米管作為與 MSC 通訊的有效機制。隧道納米管的破壞導致 MSC 分泌的細胞因子譜發生變化，并降低白血病細胞的生存優

炎癥性腸病（IBD）是潰瘍性結腸炎（UC）和克羅恩病（CD）兩種病癥的總稱，在不同的疾病階段和致病性情況下均發現了炎癥成纖維細胞。成纖維細胞特征和功能的改變成為 IBD 的關鍵影響因素，驅動致病性成纖維細胞功能的介質可能是治療干預的希望靶點。驅動成纖維細胞-免疫細胞通訊的介質和分子機制才剛開始被闡明。TNF 超家族（TNFSF）成員14（TNFSF14），也稱為 LIGHT，被鑒定為一種成纖維細胞衍生因子，會抑制腸道類器官的生長。重要的是，TNFSF 的各種因子，包括 TNFSF14、TNFSF

小膠質細胞是中樞神經系統的常駐免疫細胞，是大腦發育、體內平衡和神經系統疾病的關鍵參與者。小膠質細胞具有高度可塑性，并可根據位置和系統需求獲得各種結構變化和轉錄表型。在可以驅動小膠質細胞走向有益表型的策略中，間充質干細胞（MSCs）是目前正在被研究作為影響成人和新生兒神經炎癥性疾病的有吸引力的細胞療法。MSCs 調節多種免疫細胞效應功能并減弱活性氧的產生，促進神經系統疾病臨床前模型中腦組織功能的恢復，包括圍產期腦損傷、創傷性腦損傷和神經退行性疾病。具體來說，在 TBI 小鼠模型中，MSCs 的分泌

間充質基質細胞（MSCs），也稱為間充質干細胞，是許多組織中必不可少的細胞成分，有助于組織修復和體內平衡。除了產生成骨細胞、軟骨細胞和脂肪細胞外，MSCs 還表現出強大的免疫抑制作用。研究表明，MSCs 可以通過對適應性免疫系統細胞（如 T 細胞和 B 細胞）的免疫抑制作用來促進腫瘤生長和進展。MSCs 遷移到腫瘤部位后，也被證明可以通過募集單核細胞/巨噬細胞來促進腫瘤生長。中性粒細胞是骨髓中的主要細胞成分，由干細胞增殖和分化為成熟的中性粒細胞。研究表明，中性粒細胞參與腫瘤進展。然而，目前尚不清

纖維化是一種病理狀態，幾乎可以影響身體的所有組織，以成纖維細胞產生的細胞外基質（ECM）的過量沉積和重塑為特征。纖維化主要由促炎細胞因子介導的慢性刺激觸發。腫瘤壞死因子-α（TNF-α）和白細胞介素-1β（IL-1β）可以協同作用，啟動炎癥級聯反應。這些細胞因子，除了轉化生長因子（TGF）-β 外，還可由活化的巨噬細胞釋放，其已被證明可以激活成纖維細胞，導致 ECM 蛋白、內皮細胞、新血管生成過程、角質形成細胞和巨噬細胞的過量產生。基質金屬蛋白酶（MMPs）和基質金屬蛋白酶抑制劑（TIMPs）之

骨肉瘤（OS）是困擾兒童和青少年最普遍的原發性骨腫瘤。在肉瘤中，與腫瘤類似，腫瘤微環境（TME），包括細胞外基質、血小板、成纖維細胞、淋巴細胞、骨髓來源的炎癥細胞和信號分子等成分，已經引起了人們的關注。腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）是 TME 的主要成分，大致可分為 M1 和 M2 表型，前者具有促炎、腫瘤抑制作用，后者具有抗炎、腫瘤支持作用。此外，包括肉瘤在內的各種 TAM 表型已被記錄，強調了它們在各種過程中的多方面作用，包括腫瘤生長、轉移促進和血管生成。TAM 衍生的細胞因子在這些過程中起著

骨關節炎（OA）傳統上被認為是一種退行性關節疾病，主要特征是軟骨破壞、軟骨下骨重塑和骨贅形成。然而，最近的研究強調了炎癥在 OA 發病機制中的重要作用，將 OA 重新定義為一種同時具有退行性和炎癥成分的疾病。OA 中特別關注的一種細胞因子是白細胞介素-6（IL-6），這是一種多效性促炎細胞因子，在 OA 關節中升高并與疾病進展相關。IL-6 在炎癥中起雙重作用，根據不同的環境發揮促炎和抗炎反應。升高的 IL-6 通過上調核因子κB配體受體激活因子（RANKL）來促進破骨細胞生成，RANKL 是

心力衰竭是一種嚴重的疾病，發病率和死亡率很高。老年人群心力衰竭的患病率增加，尤其是絕經后女性發生射血分數保留的心力衰竭（HFpEF）的患病率明顯更高，提示絕經后雌激素缺乏可能參與其發病機制。另一方面，心力衰竭治療效果的性別差異已被強調，其中可能涉及多種因素。基于性別的亞組分析測試了血管緊張素受體-腦啡肽酶抑制劑（ARNi，心衰治療藥物）對 HFpEF 患者的療效，發現女性的治療效果優于男性。考慮到 ARNi 作為環磷酸鳥苷（cGMP）蛋白激酶G（PKG）激活的作用機制，cGMP-PKG 通路可能

黑色素瘤是一種發病率越來越高的皮膚癌，一旦達到轉移階段就會發病。一般來說，它被認為是一種免疫原性腫瘤，表達幾種腫瘤特異性以及腫瘤相關抗原。已在很大一部分患者中檢測到腫瘤特異性 T 細胞反應。此外，腫瘤特異性 T 細胞的過繼轉移可以介導轉移性黑色素瘤患者的持久反應。最近，免疫檢查點抑制劑（ICI）改變了晚期黑色素瘤的治療，在近 50% 的患者中實現了腫瘤消退和持久的癌癥控制。這些高緩解率強調了該腫瘤實體的免疫原性。黑色素瘤病理學中的一個關鍵表觀遺傳參與者是 E2F1 轉錄因子。除了作為細胞周期、代

中樞神經系統（CNS）神經元變性發生在許多疾病中，如青光眼等，這些神經元在損傷后通常無法存活或再生。各種干細胞群已被證明可以通過其分泌組促進神經保護。例如，來自間充質干細胞（MSCs）的分泌組已被證明在心血管、泌尿生殖系統和腫瘤疾病的再生治療中具有巨大潛力，并且在包括缺血性、創傷性和炎癥性在內的多種損傷下，在整個 CNS 中顯示出神經保護能力。特別是，在實驗性青光眼模型中，MSCs 通過分泌血小板衍生生長因子（PDGF）等神經保護因子來促進宿主視網膜神經節細胞（RGC）存活。研究發現，干細胞（i

骨重塑是一個持續的生長過程，通過骨吸收破骨細胞（OCs）和骨形成成骨細胞（OBs）清除和修復受損的骨骼，調節礦物質穩態來維持骨骼結構。骨重塑失衡會導致與衰老相關的骨骼疾病，如骨質疏松癥和脆性骨折。骨重塑包括三個階段：（1）OCs 在骨骼受損區域開始骨吸收，（2）從分解代謝過渡到合成代謝，以及（3）OBs 成骨。更好地了解調節骨重塑的分子機制以及 OBs 和 OCs之間的串擾對于開發更好的預防和代謝性骨病的方法非常重要。人亮氨酸拉鏈蛋白（sLZIP）是 LZIP（也稱為 CREB3）的一種亞型。s

和/或骨折修復不良。間衰老會導致松質骨和皮質間隔的骨質流失。隨著年齡的增長，松質骨骨質丟失與骨形成減少和骨重塑率低有關。相比之下，與衰老相關的皮質骨骨質丟失主要是由于皮質內表面破骨細胞數量和骨吸收的增加。在皮質骨中，編碼 RANKL（一種對破骨細胞形成至關重要的細胞因子）的腫瘤壞死因子配體超家族成員11（Tnfsf11）隨著年齡的增長而增加，RANKL 的誘餌受體骨保護素（OPG）隨著年齡的增長而減少，證明了破骨細胞形成增加在年齡相關的皮質骨丟失中的重要性。機械刺激，如來自身體活動的刺激，通過增

系統性硬化癥（SSc）患者通常表現為皮膚纖維化，也可延伸至內臟器官。纖維化是由于細胞外基質（ECM）蛋白（如纖連蛋白和膠原蛋白）的過度沉積，主要由活化的成纖維細胞產生，導致組織結構破壞、器官功能障礙及器官衰竭。漿細胞樣樹突狀細胞（pDCs）是先天免疫細胞，專門產生大量 I 型干擾素（IFN），這與 SSc 有關。事實上，pDCs 在 SSc 患者的受累組織中積累，研究表明，小鼠模型中 pDCs 的消耗可改善纖維化。此外，激活的 pDCs 通過持續產生 IFN-α 導致 SSc 中 I 型 IFN

自噬免疫檢查點抑制劑（ICI）已取得巨大的臨床成功，但其療效僅限于一小部分患者。由于免疫排斥是 ICI 治療成功的主要障礙，因此靶向免疫抑制性腫瘤微環境（TME）已被確定為針對治療反應不佳的很有希望的的聯合策略。腫瘤相關巨噬細胞（TAMs）是免疫抑制性 TME 的主要參與者。研究已經描述了巨噬細胞轉錄程序的 M1/M2 分型，即從免疫促進的“M1 型”到免疫抑制的“M2 型”。盡管已報道腫瘤類型之間的差異，但 TAMs 主要與 M2 型程序相關。因此，旨在將 TAMs 重編程為 M1 型程序的療

心臟的形態發生與基因表達模式的顯著變化有關。在從胚胎到成人的轉變過程中，心肌細胞表現出肌節基因亞型表達的轉變，以及代謝信號通路和離子轉運系統的變化。Trbp，也稱為 Tarbp2，最初被確定為一種參與 HIV 發病機制的 RNA 結合蛋白（RBP），但也與細胞生長過程和癌癥有關。研究表明，在胚胎和胎兒出生后心臟中，Trbp 的缺失通過改變慢速（如，Myl3、Myh7b 減少）和快速（如 Myl9、Tnni2 增加）肌纖維基因亞型之間的平衡而嚴重損害心臟收縮功能。然而，Trbp 是否在成熟心臟肌節